হাইড্রোজেনের তিনটি আইসোটোপ হলো প্রোটিয়াম, ডিউটেরিয়াম, এবং ট্রিটিয়াম। প্রোটিয়ামে কোনো নিউট্রন নেই, ডিউটেরিয়ামে একটি নিউট্রন এবং ট্রিটিয়ামে দুটি নিউট্রন থাকে। প্রোটিয়াম সাধারণত সবচেয়ে প্রচুর থাকে, ডিউটেরিয়াম ভারী পানি তৈরি করতে ব্যবহৃত হয় এবং ট্রিটিয়াম একটি তেজস্ক্রিয় আইসোটোপ, যা পারমাণবিক গবেষণায় ব্যবহৃত হয়।